Dezenfeksiyon, cansız ortamdaki hemen tüm patojen mikroorganizmaları elimine eden, ancak mikroorganizmaların tüm formlarını, örneğin; bakteri sporlarını etkilemeyen bir yöntemdir. Günümüzde bakteri sporlarını da öldüren, yani yük­sek düzey dezenfeksiyon sağlayan ve sterilan adı verilen kimyasal maddeler de bulunmaktadır.
Bu nedenle, dezenfeksiyon terimi, mikrobiyal kontaminasyonu minimal düzeyde azaltmaktan, sterilizasyona kadar uzanan geniş bir kavramı içine alır.
Dezenfeksiyon sadece dezenfektan adı verilen kimyasal maddelerle yapılmaz. Mekanik temizle­me veya ısıtma ile de dezenfeksiyon sağlanır. De­zenfektan kullanımının getireceği ekonomik yük, yaratacağı çevre kirliliği ve dirençli hastane suşlarının seleksiyonuna neden olabilmeleri gibi olumsuz yönleri dikkate alınırsa, uygun durumlarda meka­nik temizliğin ve 75-100°C’de nemli ortamda ısıtıla­rak yapılan dezenfeksiyonun en iyi dezenfeksiyon yöntemleri olduğu gerçeği ortaya çıkar. Dezenfek­tanlar, infeksiyon bulaştırma riski yüksek olan objelerdeki patojen mikroorganizmaların sayısını azaltmak üzere veya dezenfektan kullanımının; in­feksiyon bulaşma riskini önemli ölçüde azalttığının deneysel olarak ispatlanması halinde kullanılır. Bu durumların dışında, örneğin sterilizasyon koşul ol­duğunda, ısı ile dezenfeksiyon uygulanabildiğinde ve mekanik temizlik ile yeterli dezenfeksiyon sağ­lanabildiğinde dezenfektan maddeler kullanılmaz.
Kontamine eden mikroorganizmaların yapısı ve sayısı: Bakteri sporları kimyasal ve fiziksel etkenlere en yüksek direnci gösterirler. Mikroorga­nizmalar bu direnç yönünden incelenecek olursa, bakteri sporlarından sonra Mycobacteriıım cinsin­den bakteriler, küçük (lipid taşımayan) viruslar, vejetatif mantarlar ve aseksüel mantar sporları, vejetatif bakteriler ve orta büyüklükte (lipid taşıyan) viruslar olarak sıralanırlar. Bu sıralamadan da an­laşılacağı gibi, bakteri sporları ile lipid taşıyan vi­ruslar arasında büyük bir direnç farklılığı vardır. Mycobacterium cinsi, hücre duvarının hidrofob ol­ması nedeni ile dezenfektanlara yüksek derecede direnç gösterir. Diğer vejetatif bakteriler arasında stafilokok ve enterokoklar en dirençli cinslerdir. Ayrıca Pseudomonas, Klebsiella, Enterobacter, Serratia cinsinden bakteriler de yüksek dezenfektan direnci gösterirler.
Bu bakterilerin hastane infeksiyonlarında en sık etken olmaları, bu direnç özelliğine bağ­lanabilir. Kontamine eden mikroorganizmaların sayısı fazla ise, ortamdaki mikroorganizmaların tümü­nün öldürülmesi için, dezenfektan ile çok daha uzun süre temas ettirilmesi gerekir. Ayrıca, 100 bakteri sporunun inaktive edilmesi için gerekli olan temas süresi, 106 virüsün ve 104 Staphylococcus auıreusun inaktive edilmesi için gerekenden çok daha uzundur. Bu bulgular, mikroorganizma yapı­sının ve kontaminasyon yoğunluğunun, dezenfeksiyonu birlikte etkileyen faktörler olduğunu göster­mektedir. Ortamdaki organik artıkların miktarı: Kan müküs veya dışkı gibi organik artıklar hem sterilizasyon, hem de dezenfeksiyonun etkinliğini önemli ölçüde azaltır.

Bu etki üç yolla olmaktadır. Bunlar,
organik artığın çok sayıda ve türde mikroorga­nizma içermesi,
dezenfektanın penetrasyonunu ön­lemesi,
klor ve iyot türevi dezenfektanlar ile kuaterner amonyum bileşikleri gibi bazı dezenfektan­ları direkt olarak inaktive edebilmeleridir.
Bu ne­denlerle, sterilizasyon (özellikle etilen oksitle sterilizasyon) ve dezenfeksiyondan önce objelerin iyice temizlenmesi gerekir.